承知しました。
ありがとうございます。

あー、これは多重起動しててどちらもユーザー設定自動更新がオンになってると出る可能性ありますね。
多重起動を許可してるのに設定ファイルが同時にアクセスされることを考慮してないというほぼバグです。最初期からこの状態であんまり報告がないので忘れてました。
今後.NETのバージョンを最新に移行するので、そのあとにでも対処しておきます。
とりあえず多重起動するときはユーザー設定自動登録を一つを除いて切っておけば出なくなるはずです。