報告ありがとうございます。
調べてみます。

＜コメント取得エラー＞

Message:Error reading JObject from JsonReader. Current JsonReader item is not an object: Integer. Path '', line 1, position 3.
Source:Newtonsoft.Json
TargetSite:Newtonsoft.Json.Linq.JObject Load(Newtonsoft.Json.JsonReader, Newtonsoft.Json.Linq.JsonLoadSettings)
StackTrace: 場所 Newtonsoft.Json.Linq.JObject.Load(JsonReader reader, JsonLoadSettings settings)
場所 Newtonsoft.Json.Linq.JObject.Parse(String json, JsonLoadSettings settings)
場所 NicoLibraryS.LiveWebSocket.LiveWatch.GetWSEndpoint(String url, String accessToken)
場所 NicoLibraryS.LiveWebSocket.LiveWatch.GetWSEndpoint(Authorization& auth, String programId, String userId)
場所 NCV_Core.CommentOperation.NiconamaComment.GetComment(LiveComment& lc, CookieContainer nicoCC, Int32 resFrom, UserInfoParams userInfo, String commentLogDirNamingConvention)
場所 NiconamaCommentViewer.Form_Main.TSButton_ConnectLive_Click(Object sender, EventArgs e)

あれ、ChromeとEdgeで起動していなくても取得できなくなっているのを確認したんですが、まだできるブラウザがあるということでしょうか?
ブラウザが最新版であることを確認して一度クッキーを削除してログインしなおしても取得できるのか試してみてください。

どちらにせよブラウザからのクッキー取得はできれば完全廃止したいんですよね。

Chromium系は起動していなければCookieは取得出来るのでなくさないでほしいです。
普段使わないChromium系の別のブラウザ（EdgeやBrave等）でログインしてそこのCookieを取得出来るようにして欲しいです。

ブラウザのクッキーを取得する　Firefoxで
使えるようになりました。
ご対応ありがとうございました。！

確認してみたら確かにエラーが出るようになってますね。
とりあえずFirefoxを使うか「このツールでログインする」を利用してください。
でもクッキー取得が必要な処理は僅かしかありませんし、Chromium系のブラウザは非対応にしてしまったほうがいいかもしれませんね。
報告ありがとうございました。